نشأت الإدارة العامة للمخطوطات مع نشأة دار الكتب المصرية؛ لأنه لما اقترح علي باشا مبارك على الخديو إسماعيل فكرة إنشاء دار كتب على نمط المكتبة الوطنية الفرنسية في باريس –التي رآها وأفاد منها في رحلته التعليمية في فرنسا- على الفور صدر القرار الخديوي في 23 مارس سنة 1870م بجمع المخطوطات النفيسة التي لم تصل إليها يد التبديد مما حبسه السلاطين والأمراء والعلماء والمؤلفون على المساجد والأضرحة ومعاهد العلم لِيُكَوِّنَ من هذا الشتات والتشرذم نواة لمكتبة عامة، سميت حينئذ بـ "الكتبخانة الخديوية". كان رصيد دار الكتب المصرية من المخطوطات حتى عام 1916 = 19 ألف مخطوط. وابتداءً من عام 1929م أضيف إلى رصيد دار الكتب من المخطوطات مكتبات غنية ضاعفت حجم المخطوطات نحو ثلاث مرات، من ذلك: (المكتبة التيمورية، لصاحبها: أحمد تيمور باشا، ت1930م/ المكتبة الزكية، لصاحبها: أحمد زكي باشا، ت 1934م/ مكتبة مصطفى فاضل باشا، ت 1875م، وهو شقيق الخديو إسماعيل/ مكتبة قولة، لصاحبها ساكن الجنان محمد علي باشا، ت 1849م/ مكتبة الأمير إبراهيم حليم/ مكتبة خليل أغا، صاحب مدرسة الخط المشهورة/ مكتبة الإمام محمد عبده، مفتي الديار المصرية، ت 1905م/ مكتبة أحمد طلعت بك/ مكتبة السيد وجيه العمري/ مكتبة السيد عمر مكرم/ مكتبة الشيخ أحمد أبي خطوة/ مكتبة أحمد الحسيني/ مكتبة علي جلال الحسيني ... وغير ذلك كثير. وجدير بالذكر أن هذه المكتبات المهداة منها ما أدمج إدماجًا في رصيد دار الكتب، ومنها ما هو مستقل بمكانه وفنونه ومخطوطاته، حتى هذه اللحظة. أصبح رصيد دار الكتب المصرية من المخطوطات 51193 رقم حفظ = 59321 مجلدًا = 88164 عنوانًا. نوادر مخطوطات دار الكتب المصرية: 1- مجموعة المصاحف المملوكية، وهي مجموعة كبيرة تمتاز مجموعةٌ كبيرةٌ منها بخطها (المُحَقَّقِ)، كما تتفرد بتذهيبها، ورسومها، وتجليدها، ودقتها؛ مما يجعلها متفردةً لا تنازعها مكتبة -في العالم- في هذه الخصوصية. 2- مصاحف مكتبة أحمد طلعت بك؛ حيث توجد بها مصاحف عثمانية وغير عثمانية تَسُرُّ الناظرين، من حيث الخط والتذهيب والدقة والجمال. 3- الجامع في الأدوية المفردة، لابن البيطار، ت 646هـ، تحت رقم حفظ: [1 طب خليل أغا]. 4- الجامع في الحديث، لعبد الله بن وهب، المصري، ت 197هـ، وهو الكتاب الوحيد في العالم المكتوب كاملا على البردي، تحت رقم حفظ [2123 حديث]. 5- ديوان الحادرة (قطبة بن أوس المازني)، وقد كتبه بخطي النسخ والثلث: علي بن هلال المعروف بابن البواب، ت 423هـ، وهو أحد أساطين الخط في عصره، [2145أدب]. 6- مجموع في أمراض العين ومداواتها، وهو كتاب يشتمل على ثماني رسائل لمجموعة من أساطين الطب، مثل: جالينوس، وحنين بن إسحاق/ ويحيى بن ماسويه، ... وغيرهم، تحت رقم حفظ [100 طب تيمور]. 7- نزهة المشتاق في اختراق الآفاق، للإدريسي، ت 560هـ، وهي نسخة نفيسة ونادرة تتخللها 20 خريطة مرسومة بالألوان الطبيعية الرائعة والرائقة، تحت رقم حفظ [150جغرافيا]. 8- بوستان سعدي؛ نظمه سعدي الشيرازي، ت 694هـ، وهو من المخطوطات الفارسية النفيسة والنادرة، يقع في عشرة أبواب على بحر المتقارب، ساهم في تكوينه أربعة من أساطين العلم كلٌ في مجاله: الناظم (المؤلف) سعدي الشيرازي - الناسخ: سلطان علي الكاتب – المُصَوِّر (الرَّسَّام) الأشهر: كمال الدين بهزاد – المُذَهِّب: ياري الهروي، تحت رقم حفظ [22 أدب فارسي]. 9- تفسير أبي الليث السمرقندي، ت 373هـ، وهو مخطوط تركي ، ترجمه ابن عربشاه ـ 854هـ، وهي نسخة جيدة، بأولها طرة مزركشة بماء الذهب واللازَوَرْد [3 تفسير تركي م]. وغير ذلك كثير جدًّا.